El DIPE está organizado en torno a dos ejes: actividades de formación en investigación orientadas a promover en los estudiantes el desarrollo y la adquisición de las competencias generales y específicas del programa; y realización de un trabajo original de investigación conducente a la obtención del título oficial de Doctor o Doctora.
Las actividades de formación en investigación versan sobre conocimientos disciplinares y metodológicos en psicología de la educación y pueden adoptar diferentes formatos (seminarios, cursos, talleres, participación en jornadas y congresos, etc.). Al inicio de cada curso, la Comisión Académica responsable del DIPE elabora y publica el programa y el calendario de actividades de formación indicando, en cada caso, su naturaleza, formato y obligatoriedad para los estudiantes.
Cada estudiante del DIPE plantea y realiza el trabajo conducente a la obtención del título de Doctor/a en el marco de la actividad de los grupos de investigación que participan en el programa y de las líneas de investigación que estos grupos desarrollan. Cada estudiante lleva a cabo su trabajo de tesis doctoral bajo dirección y tutoría de uno de los profesores o profesoras del programa.
Durante el primer año, después de que la Comisión Académica haya propuesto un/a director/a de tesis y una Comisión de Seguimiento de Expertos, formada por tres investigadores/se de diferentes universidades, cada estudiante tienen que elaborar un plan de investigación y someterlo a la valoración de la Comisión de Seguimiento de Expertos y de la Comisión Académica. Una vez admitido el plan de investigación, cada estudiante disponen de un plazo no superior a cuatro cursos académicos para su realización, si la tesis ha sido inscrita a tiempo completo, o el equivalente si la tesis ha sido inscrita a tiempo parcial. Finalizada la elaboración de la tesis doctoral y las actividades formativas, entre las cuales tienen un valor relevante la publicación de artículos o capítulos de libro, y después de haber obtenido los informes favorables del director/a de tesis, y de la Comisión de Seguimiento de Expertos, de dos evaluadores/se externos, así como la autorización de la Comisión Académica, así como haber realizado los procedimientos administrativos establecidos, tiene lugar el acto público de su presentación y defensa ante los miembros de un tribunal, que valoran el trabajo realizado y deciden sobre la idoneidad del candidato para la obtención del título de Doctor.