El programa dispone de diversos medios e instrumentos para asegurar la calidad, entre los que destacan el protocolo previsto para llevar a cabo el seguimiento de los estudiantes. El protocolo de actuaciones, diseñado con la doble finalidad de realizar un seguimiento continuado de la trayectoria académica de los estudiantes y proporcionar información útil y relevante para la evaluación, revisión y mejora progresivas del programa, incorpora un conjunto de instrumentos accesibles a través de la Comunidad virtual MIPE/DIPE.
El protocolo contempla las fases, actuaciones e instrumentos siguientes:
- En la mitad del primer año (marzo) el/la doctorando/a puede solicitar a la Comisión de Seguimiento de Expertos que haga una revisión, evaluación e informe de la primera versión del Proyecto de Investigación, incluyendo una reunión con los miembros de la Comisión de Seguimiento de Expertos, el/la director/a y el/la doctorando/a.
- Al final de curso se vuelve a repetir el mismo proceso evaluativo y formativo para que sea aprobado el Proyecto de Investigación, y pueda pasar a segundo curso. Además del Proyecto de Investigación se valoran las actividades formativas realizadas.
- A partir del segundo año, al final de cada curso el/la doctorando/a entrega el Informe de Progreso y el documento con el listado de Actividades Formativas que ha realizado durante el curso, que es evaluado por la Comisión de Seguimiento de Expertos, quienes elabora un informe y se reúne con doctorando/a y director/a, y finalmente elabora un informe que, junto con el que elabora la Comisión Académica, da lugar a la aprobación del curso y permite la matrícula en el siguiente curso.