El DIPE està organitzat entorn de dos eixos: activitats de formació en investigació orientades a promoure en els estudiants el desenvolupament i l’adquisició de les competències generals i específiques del programa; i realització d’un treball original d’investigació conduent a l’obtenció del títol oficial de Doctor o Doctora.
Les activitats de formació en investigació versen sobre coneixements disciplinars i metodològics en psicologia de l’educació i poden adoptar diferents formats (seminaris, cursos, tallers, participació en jornades i congressos, etc.). A l’inici de cada curs, la Comissió Acadèmica responsable del DIPE elabora i publica el programa i el calendari d’activitats de formació indicant, en cada cas, la seva naturalesa, format i obligatorietat per als estudiants.
Els estudiants del DIPE plantegen i realitzen el treball conduent a l’obtenció del títol de Doctor/a en el marc de l’activitat dels grups d’investigació que participen al programa i de les línies d’investigació que aquests grups desenvolupen. Els doctorands duen a terme el seu treball de tesi doctoral amb la tutoria d’un dels professors o professores del programa.
Durant el primer any, després que la Comissió Acadèmica hagi proposat un director/a/es de tesi i una Comissió de Seguiment d’Experts, formada per tres investigadors/es de diferents universitats, els estudiants han d’elaborar un pla de recerca i sotmetre-ho a la valoració de la Comissió de Seguiment d’Experts i de la Comissió Acadèmica. Una vegada admès el pla de recerca, els doctorands disposen d’un termini no superior a quatre cursos acadèmics per a la seva realització, si la tesi ha estat inscrita a temps complet, o l’equivalent si la tesi ha estat inscrita a temps parcial. Finalitzada l’elaboració de la tesi doctoral i de les activitats formatives, entre les quals tenen un valor molt important la publicació d’articles o capí tols de llibre, , i després d’haver aconseguit els informes favorables del director/a de tesi, i de la Comissió de Seguiment d’Experts, de dos avaluadors/es externs, així com l’autorització de la Comissió Acadèmica, i de totes les passes administratives, té lloc l’acte públic de la seva presentació i defensa davant els membres d’un tribunal, que valoren el treball realitzat i decideixen sobre la idoneïtat del candidat per a l’obtenció del títol de Doctor.