El programa disposa de diversos mitjans i instruments per assegurar la qualitat, entre els quals destaquen el protocol previst per dur a terme el seguiment dels estudiants. El protocol d’actuacions, dissenyat amb la doble finalitat de realitzar un seguiment continuat de la trajectòria acadèmica dels estudiants i proporcionar informació útil i rellevant per a l’avaluació, revisió i millora progressives del programa, incorpora un conjunt d’instruments accessibles a través de la Comunitat virtual MIPE/DIPE.
El protocol contempla les fases, actuacions i instruments següents:
- A la meitat del primer any (març) el/la doctorand/a pot demanar a la Comissió de Seguiment de Experts que faci una revisió, avaluació i informe de la primera versió del Projecte de Recerca, incloent-hi una reunió amb els membres de la Comissió de Seguiment de Experts, el/la/els directors/es i el doctorand.
- Al final de curs es torna a repetir el mateix procés avaluatiu i formatiu, per tal que sigui aprovat el Projecte de Recerca, i pugui passar a segon curs. A més a més del Projecte de Recerca es valoren les activitats formatives realitzades.
- A partir del segon any, al final de cada curs el/la doctorand/a lliura l’Informe de Progrés i el document amb el llistat d’Activitats Formatives que ha realitzat durant el curs, que és avaluat per la Comissió de Seguiment de Experts, qui elabora un informe i es reuneix amb doctorand/a i director/a/s/es, i finalment elabora un informe que, juntament amb el que elabora la Comissió Acadèmica, dona pas a l’aprovació del curs i permet la matrícula al següent curs.