El DIPE está organizado en torno a dos ejes: actividades de formación en investigación orientadas a promover en los estudiantes el desarrollo y la adquisición de las competencias generales y específicas del programa; y realización de un trabajo original de investigación conducente a la obtención del título oficial de Doctor o Doctora.
Las actividades de formación en investigación versan sobre conocimientos disciplinares y metodológicos en psicología de la educación y pueden adoptar diferentes formatos (seminarios, cursos, talleres, participación en jornadas y congresos, etc.). Al inicio de cada curso, la Comisión Académica responsable del DIPE elabora y publica el programa y el calendario de actividades de formación indicando, en cada caso, su naturaleza, formato y obligatoriedad para los estudiantes. Con carácter general, y al margen de las variaciones anuales, el programa de actividades incluye dos seminarios permanentes dedicados, respectivamente, a: 1) revisar líneas y trabajos de investigación actuales de especial relevancia en psicología de la educación en el ámbito nacional e internacional, a cargo de los equipos y autores responsables; y 2) presentar, analizar y debatir informes de progreso de los trabajos de tesis doctoral, a cargo de los estudiantes.
Los estudiantes del DIPE plantean y realizan el trabajo conducente a la obtención del título de Doctor/a en el marco de la actividad de los grupos de investigación que participan en el programa y de las líneas de investigación que estos grupos desarrollan. Los doctorandos llevan a cabo su trabajo de tesis doctoral bajo dirección y tutoría de uno de los profesores o profesoras del programa.
Durante el primer año, los estudiantes tienen que elaborar un proyecto de tesis doctoral y someterlo a la valoración de la Comisión Académica del programa para su admisión. Una vez admitido el proyecto y nombrado el director/a y la comisión de seguimiento de la tesis, los doctorandos disponen de un plazo no superior a cuatro cursos académicos para su realización, si la tesis ha sido inscrita a tiempo completo, o el equivalente si la tesis ha sido inscrita a tiempo parcial (por debajo de las 20 horas semanales de dedicación). Finalizada la elaboración de la tesis doctoral, y tras haber recabado los informes favorables del director de tesis y de la comisión de seguimiento, así como la autorización de la Comisión Académica, tiene lugar el acto público de su presentación y defensa ante los miembros de un tribunal, que valoran el trabajo realizado y deciden sobre la idoneidad del candidato para la obtención del título de Doctor.